Las nuevas versiones de Gnome no dejan añadir iconos en el escritorio por defecto, para hacerlo tenemos que hacer un par de cosas.
Primero instalamos el paquete desktopfolder:
# apt-get install desktopfolder
A continuación abrimos gnome-tweaks y en la pestaña de Aplicaciones al inicio le damos a añadir y añadimos carpeta de escritorio:
Una vez hecho solo tenemos que reiniciar el sistema y ya podremos usar el escritorio con iconos en el, en nuestra carpeta personal tendremos una carpeta "Desktop" que será la que esté sincronizada con el escritorio